它最初被归类为菲律宾比目鱼吉多尼亚中枢的菲律宾亚种（X. gideon philippinensis），并且该分类系统在1985年之前保持了大约30年。 最近由西尔维斯特重新归类为年级，而低地也根据男性生殖器的附件和男性前胸背部不太显着的特征将其重新归类为等级。 除菲律宾的亚种外，该物种已知是台湾的一个亚种。 필리핀애왕장수풍뎅이 본래 기드온애왕장수풍뎅이의 필리핀 아종(X. gideon philippinensis)으로 분류되어 발표되었고 이후 1985년에 이르기까지 약 30년간 이 분류체계가 계속 유지되고 있었다. 최근 실베스트르에 의해 종 등급으로 재분류되었고, 로우랜드 또한 수컷 생식기의 부속지인 라스풀라(raspula)의 형태 및 수컷 앞가슴등판 뒤쪽의 점각이 적게 발달하는 특징에 근거해 종 등급으로 재분류한 적이 있다. 이 종은 필리핀에 분포하는 원명아종을 제외하고도 대만에 서식하는 아종이 하나 더 알려졌다.
